登録者から.jpドメインの登録を受け付ける際の業務範囲や地位が異なります。
「指定事業者」とは他のドメインでは「レジストラ」と言われるものに近く、.jpドメインの管理組織であるJPRS（日本レジストリサービス）と直接契約を結び、ドメインの登録や契約更新、登録情報の変更についてはJPRSのデータベースに直接接続して手続きを行うことができます。
Z.comはこの指定事業者の一つです。
一方で単なる「代理店」の場合は、JPRSとは直接取引を行うことができず、他の指定事業者を一旦介してドメインの登録を行うことになります。
なお、指定事業者になると、JPRSが定めた登録方法や料金等の基本ルールに従ってドメイン登録業務を行う義務を負います。